金魚是一種雜交的魚類，但金魚和其他魚類一樣，都是通過魚鰓去進行呼吸換氣。魚鰓是魚類特有的呼吸器官，是由鰓絲、鰓耙和鰓弓組成，其中鰓絲含有豐富的毛細血管。水流過金魚的魚鰓時，溶解在水中的氧氣就滲入腮絲中的毛細血管裡，而金魚血液中的二氧化碳也可以通過鰓絲上的毛細血管滲出排到水中。
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