迷你鸚鵡魚可以從體型、魚尾和魚鰭上來區別公母。首先，從體型上看，雄性魚的體型比較細長，而雌性魚的體型相對較寬胖。其次，從魚尾來看，雄性魚的魚尾寬並且扁，但雌性魚的魚尾壯且長。另外，根據魚鰭來看，雄性魚的魚鰭會相對粗壯，但雌性魚的魚鰭會比較短小。處於繁殖期的迷你鸚鵡魚還可以通過腹部的膨脹程度來進行區分。
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