小烏龜主要從以下幾個方面分辨公母：第一、尾巴形狀。公龜尾巴長且粗，呈三角狀。母龜尾巴短且細，呈條狀。第二、泄殖孔與尾端距離及形狀。公龜泄殖孔離尾端較遠，呈長孔形；母龜泄殖孔離尾端及後甲邊緣較近，呈圓形；第三、腹甲形狀。公龜腹甲處有凹陷，而母龜則很平整併且腹甲寬扁。
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