科摩多巨蜥的交配會首先通過雄性科摩多巨蜥相互打架，然後產生的勝利者去剮蹭雌性科摩多巨蜥背部，如果雌性科摩多巨蜥不具有任何反抗則會開始進行交配，然後雄性科摩多巨蜥會守護在雌性科摩多巨蜥的周圍，主要是為了防止其它科摩多巨蜥再次交配。但有的科摩多巨蜥也會出現單性生殖自行繁殖後代的情況，不過這種情況少之又少。
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