烏龜腸胃炎的主要病因有:低溫餵食、溫差過大、不適合龜的食物引起的腸胃炎；變質的食物、不潔的水質引起的腸胃炎；不合理的飼養方法，比如吃了富含水分而缺少纖維的食物引起大便鬆散稀薄，可以適當控干食物中的水分，調整食物結構，加大粗纖維植物的比例；濫用、長期使用或大劑量使用抗生素引起的腹瀉；由寄生蟲引起的大便鬆散稀薄。可以通過口服或註射抗生素進行治療，幫助烏龜調整腸道菌群，健全消化功能。一般通過這樣的治療需要兩週以上烏龜能夠得到好轉。
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