巴西龜分辨公母可以通過爪子和尾巴來確定。首先，巴西龜的公龜前爪會稍微長一些，而母龜則會稍短。其次，也可以通過判斷尾巴來分辨，巴西龜的公龜尾巴更粗，比較長。母龜的尾巴則很細，而且相對較短。此外，也可以通過巴西龜的體重和花紋來進行分辨，巴西龜的母龜成熟後體重一般會在五百克以下，而且腹部的花紋比較稀疏。但公龜的體重則會達到一千克到兩千克，並且腹部花紋密集。
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