倉鼠腹瀉大多數都是由於細菌或者寄生蟲導致，大腸桿菌和沙門氏菌是最常見能造成腹瀉的微生物之一，當然也不能排除寄生蟲感染的可能。首先應該進行糞便的鏡檢，排除寄生蟲感染的可能性。一般的排除寄生蟲感染以後，可使用抗生素和益生菌進行治療，同時應當對倉鼠進行口服補糖補鹽，以確保體內電解質平衡和能量的供應。
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