兔子的消化系統極為複雜，它在消化過程中需要多種細菌和微生物的參與，菌群的平衡尤為重要，一般大腸桿菌、沙門氏菌和病毒性感染菌會造成腹瀉，有時候一些應激反應也會造成腹瀉的發生，一般可採用喹諾酮類藥物治療，會有良好的效果。所以在養殖的過程中，應避免兔子受到驚嚇，保證食物清潔、飲水清潔。
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