造成倉鼠腹瀉的原因主要有寄生蟲和細菌性感染，其中比較典型的就是濕尾症，濕尾症也叫增生性迴腸炎，通常是由於運輸或者受到驚嚇等原因造成的，而一些其他的腸道菌群大量繁殖，也會造成類似情況，一般需要使用喹諾酮類藥物進行治療，同時寄生蟲感染也是原因之一，需要做糞便檢查，以便於確定寄生蟲種類，而後確定藥物的使用。
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